La deuxième seigneurie de Martignat est celle de l'Ile. Cette seigneurie fut inféodée par Humbert IV sire de Thoire-Villars en 1280 , à Guillaume de l'Ile, damoiseau, en récompense de ses services. Ses descendants firent bâtir le château-fort au commencement du XIV siècle et le conservèrent jusqu'au mariage d'Antoinette de l'Ile avec Guillaume de Fétans. La deuxième seigneurie sur la paroisse de Martignat de nos jours le château de l'Isle a eu plusieurs graphies anciennes.(la maison de l'ila de martignia 1299* Domus fortis de insula de martigniaco 1299* villa de l'ila 1337 appud martigniacum insule 1503.* l'isle seigneurie au ressort de montréal 1536. Durant le XV siècle, la seigneurie de l'Ile est cédée en 1430 par Guillaume de Fétans à Guillaume de l'Ile, seigneur de Palagey (seigneurie sur Beny en Bresse.) vendue avec clause de réméré au seigneur de Dortan.
Jusqu'à la conquête de la Bresse, du Bugey, Haut Bugey et Pays de Gex par le roi Henri IV en 1604, Martignat fut echangé au gré des mariages.
Le village de MARTIGNAT ainsi que l'Ile souffrirent des pillages des Comtois au cours de la guerre de trente ans.
Dans la déclaration prescrite par Bouchu en 1668, la paroisse de Martignat est dite "mère église de Groissiat et d'Aspremont. Elle a un hameau: EVRON. C'est à MARTIGNAT que débute au milieu du XVIII siècle la congrégation des Joséphites fondée par Jacques Cretenet originaire de Champlitte (Haute Sâone). Il apprit la chirurgie à LANGRES, se dévoua à Lyon en 1628 lors d'une épidémie de peste. Depuis la fin du XVIII siècle, par la suite de la poussée démographique, la commune loue des parcelles de terre arable prises dans les communaux. Se met en place un systéme de mise en culture du tiers des communaux selon une rotation triennale et avec redistribution périodique des terres. Les forêts de sapins et de hêtres ont constitué au XIX siècle, une source de revenus appréciables. Grâce à l'amélioration des communications, les conditions générales se sont améliorées, des fruitières se sont créées, l'exploitation des résineux s'est perfectionnée.
Au XIX se produit la révolution industrielle : l'exemple de GROISSIAT avec le tissage de la soie a gagné MARTIGNAT avec des métiers à bras installés à domicile . En 1885 est inaugurée la ligne Bourg-Oyonnax. Après la guerre de 14 18, l'industrie a une expansion grâce à la tournerie et la transformation des matières plastiques. Pendant la guerre de 40, grâce aux forêts de la région, le maquis s'installe et s'organise. Le 11 novembre 1943 à Oyonnax, les résistants défilent au nez et à la barbe des nazis et de la police de Vichy puis déposent une gerbe au monument aux morts avec cette inscription "Les vainqueurs de demain à ceux de 14-18". Ce défilé aura un raisonnement international jusqu'à influencer le président américain. La Résistance profitera alors de nombreux parachutages d'armes .
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